有哪些好的科研习惯?

比如那些可以提高效率、避免出错的科研习惯
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科研的开始都离不开一个完善适合自己的工具链,近期总结一下自从三年前开始写论文以来用到的所有工具以及怎么整合它们的逻辑,以下的推荐涉及到的硬件主要是电脑,iPad。

以下附上正在完成的工具链大纲和草稿,完整的版本会对每一个工具进行解释并分析怎么样才能和实际的场景结合起来。目前工作量比较大,这部分进度比较慢,不过大家点赞就是我的动力,赞越多写的越快!谨以此文,抛砖引玉,欢迎各位的批评和建议。

后续会在知乎文章中持续更新,小伙伴的建议也会被加上去并署名

https://zhuanlan.zhihu.com/p/141931705zhuanlan.zhihu.com图标

更新内容:

五月十九日:见导师与开会,补充一些其他工具场景,论文来源补充

五月二十日:硬件列表,笔记工具更新

五月二十一日:小木虫,时间管理目录+Trello;强烈谴责知乎站务无理删除答案的行为。如果明天醒来依然没有恢复就当这个账号不存在吧,文章也不会再更了,抱歉了。+

五月二十二:Roam Search: A note-taking tool for networked thought.

五月二十三:添加了一些工具的示意和特色图片。

五月二十五:添加了几款写作工具

五月二十六:geogebra,thesaurus , 再次被删除。请看到这里的同学一定要记得收藏上文提到的知乎文章而不光是本答案,不然很有可能过一会儿就看不见了。我的回答貌似会触发自动删除机制。

五月三十一:Inkscape转格式,acrobat无损输出pdf

六月四日:学术文献管理完成,介绍了Mendeley, Endnote, citethisforme, Bibtex

六月十九日:更新学术社交部分

七月七日:更新学术写作软件和大纲写作部分。祝今年的考生金榜题名,发挥超常,以后这篇文章也能继续帮助到今年的考生:)

七月二十:回答千赞更新:正文写作部分,即时通讯部分,添加了更多配图


学术工具链推荐

此文仅以作者自己的学术经验做一些学术工具的介绍,以及怎样使用这些工具进行交互,从而更好的提高学术效率。


希望读者能从中找到自己觉得有用的地方,早日产出paper,年年Nature Science Cell。

作者会不断地更新,读者的评论中如果有更好的提议,会添加在新的版本上。本文以如下9个方面,提出一些工具上的推荐和建议,如果有更好的建议,欢迎留言,会cite你的评论并添加在正文中


1. 见导师/组员开会

开会是科研中最高频的场景之一,自从新冠爆发,所有的会议也都转为线上,推荐以下几款工具来帮助大家和老师队友保持流畅的高效的沟通。

  • Zoom 以及其他视频会议软件

作为一个因为疫情而在公众视野中大火起来的视频会议平台,其实也是世界范围内学术界和商业交流上常用的平台,国内的情况跟国际有些不同,更加倾向于钉钉之类的。Zoom有录音功能,为开会的小伙伴提供之后回放的福利,并且还会自动生成字幕和文字记录,一定要善用zoom,提高效率哦。

  • Outlook客户端以及其他知名的邮件客户端

Outlook作为邮箱的管理工具是非常具有优势的,小伙伴可能会觉得电子邮件在网页上管理就好了,为什么一定要有一个客户端来进行管理,答案是,

1. 对于邮件的整理,outlook有很多优势,不需要联网就可以搜索。

outlook日历管理界面

2. 强大的日历管理功能,这个日历可以被分享然后用作更多功能的基础,比如说下面这个

用Outlook的一个很大的有点就是很多的插件可以提供很丰富的功能,以上这款插件,可以自动检查所有被邀请会议人的空闲时间,并提供多个time slot供参会者选择,一旦达成共识就自动创建大家都能参会的会议项目,从而节省大家写邮件讨论开会时间的麻烦。

2. 读论文,做笔记

论文来源

预印本是大部分科研工作者在稿件为被发表之前,提前放上去占坑的一种方式,这也意味着,如果之后成功发表,出版社会要求版权转移,这个时候这个预印本就没有了。同时,预印本也意味着文章并没有被peer review过,所以权威性和可靠度都要打一个折扣,需要引用结果非常可靠的时候,一定要避免预印本。

ResearchGate是时下最流行的学术社交平台,可以类比为学者们的QQ空间,大家每天都看自己的文章有多少read,多少research interest,呼朋唤友来为文章recommend。这个平台可以增加自己的学术曝光度,同时可以把自己的论文上传在上面,帮助无法访问付费数据库的小伙伴来看到原文,由于出版社版权的缘故,不能放public file,但是你可以点击request 来获得作者自己的版本,这个不受版权的追究。

领英就不必多说了,在上面经常发文章发动态,为了以后自己的出路打造一个更加有实力的介绍,很受HR的青睐。

小木虫是一个历史久远的论坛,以界面反人类著名,虽然及其的难用,但是其中仍然有不少资源,等待小伙伴的发掘。有一点是其他地方暂时无法取代,非常活跃的期刊投稿和项目申请交流。如果有需要的小伙伴可以多留意。

  • 出版集团的数据库:IEEE Explorer, ScienceDirect,Web of Science 等

这些数据库都有一个特点,需要订阅,只有open access的不需要。一般来说,科研工作者挂靠的学校和研究院都会提供相关资源的订阅,如果都不具备的小伙伴可以看下面两条

  • Google Scholar /百度学术

是开始科研的好地方,先在这上面搜索自己感兴趣的研究课题,看看有没有相关的论文,这个论文链接可能会直接显示出自arxiv或者作者学校自己的open access网站。

  • 非法的资源包括 Sci-Hub 在内的破坏出版集团利益的论文集散网站
  • 各个学校和研究院所的open access网站

为了增加曝光度,帮助没有买数据库的同学一样能看到相关的研究成果,学校有时会自建一个开放的数据库,把本校的出版论文和学位论文都放在上面,来促进学术研究

笔记工具

  • Microsoft Edge 浏览器

Edge浏览器在最新的更新中添加回了集锦功能,可以帮助小伙伴方便的收藏和分类看到的资料,集锦可以添加网址,也可以添加自己写的备忘等。新版的Edge已经使用了chrome的开源内核,并且集成了独家功能,pdf标注,可以用手写笔在上面标注极大的方便了看论文。(评论中有读者提到,新版edge 的pdf功能变慢,有待大家检验)

  • Notability

可以说是iPad上最能放大学术能力的App了,自从有了Notability基本再也没用过纸质笔记本,十分方便和强大。唯一的一个小弱点是对公式识别和文档管理上略微有些欠缺,但是总体而言,不可错过。甚至不夸张的说,为了这个软件可以买一个iPad,支持Apple Pencil 的就行。这款软件超越其他的笔记工具的地方在于,可以将录音和记笔记同步起来,在回放录音的时候,可以看到实时的笔记进度

  • Adobe Acrobat

老牌pdf阅读编辑软件,不要和它的免费版本混淆,acrobat的功能可以极大的简化一些工作流程,比如老师想在论文中改一个很细微的图上的东西,只需要用acrobat打开,拖动两下问题就能解决了。购买的经费可以来自老师,也可以自费,一个月几十块,用好了就不算贵。

除了方便修改pdf之外,acrobat一个很重要的功能是,可以完全无损的转换word文件到pdf。有的朋友可能遇到过,在word中插入的矢量图svg等格式的,在转换pdf的时候被默认变成了质量很低的位图,用Adobe Acrobat的转换功能可以避免这个问题,具体的操作方法:

右上角选择acrobat
生成pdf

Evernote

个人的杂物琐碎收纳地,基本上所有的学术进度都会写在evernote里,有些会设定提醒,作为一个简单的todo工具,但是最主要的用途还是一个收纳工具。搜索功能很强,所以很方便。同时丰富的模板也可以帮助更好的组织生活和会议。

使用Evernote模板
  • MarginNote3

iPad上的学术神器,在mac上也有对应的版本。但是对于工科的研究来说,这些工具反而有些过剩,比较适合的对象是需要阅读大量文献并且梳理记忆的文科同学。

Marginnote3的界面

管理文献

  • Mendeley

是常见的几个学术文献管理软件(Zotero, Endnote等)中比较直观好用的,功能上或许有短板,但是在以下几件事有一定的优势:

添加文献的时候,可以在手动添加的对话框上通过DOI或者arxiv自动检索,是比较方便

文献管理同步做的不错,有免费的文章上传空间,只要同步了在各个平台都可以使用,导出。对Latex的支持很到位,可以直接输出Latex citations或者bibtex,对于用word的朋友,也可以直接输出相应的格式的reference。

导出需要的bibtex和符合样式的reference

除此之外支持一些简单的批注,对于需要精读的文章可能比较有用,这些批注都可以被同步。

用Mendeley进行批注
  • Endnote

Endnote相对于其他主流软件来说,有一个巨大的优势,可以接入学校的图书馆资源,实现在Endnote中查阅所有的数据库,并且链接了大量公共图书馆资源,方便用户检索内容。界面比较复杂,功能也很多很实用,不过对于轻度的文献管理,并不推荐。其次这是一个付费软件,如果学校没有提供license,还是看看别的软件比较好。

citethisforme的界面

在写短文或者用word作为主要工具的时候,我会建议使用这个网站,可以自动生成格式完美的reference,并且提供自动检索服务,通过Worldcat等搜索引擎可以检索到绝大部分的出版物,同时对参考文献的格式的支持多样也是特色

citethisforme支持的文献类别

只需要按照指示添加相关的信息,就可以生成出格式完美的参考文献。如果使用bibtex的同学想偷懒,citesthisforme也是一个选择。

免费版就可以使用,但是只能保存当前文献7天,所以记得要在时限之内完成搬运。

  • Bibtex, 虽然是latex的一部分,用好这个才能让Mendely 和 Endnote发挥更大的用处
bibtex内容

作为老牌文献管理方式,需要一定的学习,理解latex的框架,之后就可以快乐的使用了。通过以上的文献管理软件进行互动,可以极大的方便文献的管理和格式控制。同时,有大量的软件支持bibtex文件,就不一一赘述了。以上两款比较有代表性。

3. 学术社交

  • Research Gate 饱受老一代和新一代学者喜爱的社交平台

有两大功能,第一是学术社交,大家会把自己的文章和成就放在上面,可以很客观的评估学术成果,但是对于不维护RG账户的大牛没有太大的参考意义。

RG同时也是一个预印本网站,更神器的是,RG可以允许其他用户请求作者分享已经出版的文章给用户,这个分享是一个灰色领域,对版权方来说,他们无法控制作者小规模的分享自己的作品,因为他们的版权协议里都会包含允许作者在小范围内,以私人的方式来分享文章。这样可以规避高昂的文章下载费用,是一个好的趋势。

  • 知乎, 新生代大佬都爱的知乎 (读到这里记得点赞,关注,收藏,转发哦)
  • Stack Overflow & Stack Exchange

只要是用到和编程,配环境,调bug相关的问题,Stack Overflow就不会让你失望,这个网站以及Stack Exchange下各个主题中充满着从最基础到最高阶的问题,有的问题甚至会有该工具/软件的创造者来回答。想象以下你在百度上问为什么Windows 10 这么卡的时候,比尔盖茨亲自告诉你:别问,问就是bug。

4. 实时交流

  • MS Teams,工作微信等为代表的工作用即时聊天
MS Teams

为什么在微信已经被默认为主要沟通方式的前提下我们依然需要工作专用的即时聊天软件,这一点我想微信在私人时间中被工作信息充满的人都深有体会。同时尽管有桌面版的微信,但是因为有大量的生活隐私,其实并不适合登录在工作用的电脑上,不适合办公室生态。于是你就会需要一款办公即时通讯软件。国内有钉钉,工作微信,国外有MS Teams。

MS Teams作为其中的佼佼者是和它与office深度整合分不开的,其中令人称道的方面包括可以直接显示office文件,检索单位的通讯录,分享文件自动保存在OneDrive等

通过善用此类工具将生活和工作平衡起来,也是提高效率的一部分。

  • 微信
  • Slack
Slack界面

Slack非常适合工作小组之间交流的方式,如果用slack管理过于庞大的队伍,会有一些困难,但是几十人之间以任务进行分组,还是比较适合的。国内可以寻求类似的替代软件。

  • Zoom 为代表的视频会议软件

5. 项目管理和存档

  1. Github / Gitlab / 码云
  2. OneDrive
  3. MS Project
  4. [Tom's Planner]( Tom's Planner - Gantt charts for the rest of us.)
  5. Notion
  6. Slack
  7. Trello

协作看板,比较适合用作查看目标、进度的工具,可以方便的和同时协作的小伙伴来随时跟进最新的进度和目标。非常灵活的团队交流工具,善用可以替代及时聊天工具。毕竟不是每一个人都喜欢用即时聊天来跟进项目,显得非常有压力。

8.Roam Research

近来非常流行的研究向大纲工具,可以自动组织起所有的内容,并通过贝叶斯网络算法来建立网络拓扑,对人本身的思维可以起到正向加速的做用。


6. 论文写作

  1. 大纲写作
  • Typora

是目前来看比较实用的大纲写作工具,用markdown来组织思路和文章结构,写好之后再转移到latex上也比较容易。写好的markdown可以用pandoc来进行格式转换,直接收获latex,并且Typora对公式有着良好的支持。

  • Git markdown(iPad+Web)

对于使用Git来协作的作者们,直接把文章写成readme然后用git markdown来组织内容也是可以的,附上官方参考手册

https://guides.github.com/pdfs/markdown-cheatsheet-online.pdfguides.github.com
Git Markdown范例
  • Pandoc
Pandoc支持的格式

一个开源的多文档格式转换工具,可以集成在Typora之中

  • iA Writer(iPad)
iA Writer

在iPad上非常强大的markdown写作工具,完美支持latex格式的公式插入,界面简单,功能丰富,具备文档管理能力。写作的时候不容易受到打扰。能够有效提高生产力。

  • Texpad(iPad)

iPad上写作latex的最终极方案之一,对包的支持都比较完美,偶尔有些命令会无法显示在pdf中,需要用PC的latex来最终编译。

  • Working Copy(iPad)

可能是iPad上最好的git客户端,对iPad的文件系统的支持可以释放iPad的形态和git之间的美好潜力,配合iA Writer 和 Texpad可以完美使用git来同步所有的工作进度,并且Working Copy本身也提供文本编辑功能,十分方便

2. 正文写作

  • Latex with TeXstudio

桌面端latex写作软件很多,这里只以TexStuido作为例子,功能丰富,支持字典,可以修改主题和颜色。自动补全很好用。如果是从Texmate之类的软件转来,会很喜欢TeXStudio 的。

  • Overleaf

之前和ShareLatex并列为最好用的latex在线写作平台,之后Overleaf收购了ShareLatex。Overleaf目前是学术界应用最广泛的写作平台,上手无难度,现成提供完美的latex环境,免费供个人用户使用。

  • VS Code

微软出品的代码编辑工具,可以通过插件实现对latex的支持,由于丰富的功能和多样的主题,适合代码量大的童鞋作为latex写作主力软件。

  • Working Copy

Working Copy在此被列为写作软件的原因是和Git Markdown以及在不需要编译latex的情况下,可以十分方便的同步进度,处理版本冲突

其余同上

3. 后期修改

  • Grammarly

多平台的语法修改工具,可以提供基本的语法检查和优化,非常适合不太经常写英文的童鞋,帮你解决冠词,单三,时态问题。

  • Thesaurus
同义词替换

在英文写作中,避免同一个单词反复出现是提高写作水平和文章质量的一个重要指标,这个网站可以帮你找到合适的同义词替换,并且提供多种词义可供选择,写文章必备。

  • ProWritingAid

一个类似grammarly的工具,但是更加技术一些,提供免费的pro版本试用,如果需要对文章可读性有更高要求的童鞋,可以试用一下。

  • Microsoft Editor

现在是被集成在office word之中的工具,提供和grammarly差不多的服务

  • Linggle

对于搭配不确定的时候,linggle可以提供更为准确的搭配

Latexdiff自动生成的区别高亮
Online LaTeX diff tool3142.nl图标

Latex用户最大的痛点有可能是无法实现方便的批阅痕迹分享,所以这款工具基本完美的解决了这个障碍。只需要把修改过的和没修改的latex原文粘贴进去,就可以自动生成高亮的区别。建议文章有敏感内容的同学,把这个工具本地编译,本地试用,网页上并不能保证你的文章不被有心人利用。这个工具是开源的。

7. 论文发布和分享

1. 投稿选刊分析

  • SJR ranking
  • Impact Factor

2. JCR分区以及类似的SJR分区

3. 影响因子

4. 中科院分区和JCR分区

8. 学术作图

  1. Flowchart Maker & Online Diagram SoftwareDraw.io 一个网页上画流程图和示意图的工具,免费好用
  2. Visio
  3. Inkscape
    1. Inkscape作为最好用的矢量创作工具之一,用来微调论文图片,修改配图配文都是非常的方便。
    2. 另一点值得写下来的特点是,inkscape支持大量的格式,可以非常方便的转换各种格式。最常见的pdf转svg在word里插入矢量图是很有用的,当然它也可以转换为emf格式,word原生的矢量图格式,兼容性最好。
  4. Adobe Illustrator
  5. IrfanView + GhostScript
  6. Origin
  7. geogebra

9. 学术硬件推荐

  1. Apple iPad Pro 11inch / 12.9-inch, 第二代苹果笔是关键
  2. 机械键盘 (红轴和青轴)
  3. 双显示或者三显示器,2k以上分辨率
  4. Microsoft Natural Ergonomic Keyboard 4000
  5. Logitech MX Vertical
  6. Logitech Ergo K860
  7. Logitech MX Master 2S
  8. Logitech MX Master 3
  9. 人体工学椅子
  10. 站立办公桌
  11. Wacom 数位板

10.时间管理

时间管理是除了写文章见老师本身以外最重要的事情,是关系到学术成败的关键。

  1. Microsoft ToDo
  2. Tree
  3. 番茄工作法
  4. 四象限工作法




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